عمقش عميق‌تر بوده در زمان خودش كه امثال صاحب هدايه المسترشدين ديده و صاحب فصول . صاحب فصول تعقل فلسفيش عميق‌تر از تعقل فلسفى معاصرين خودش است و همچنين برادرش مرحوم حاج شيخ محمد تقى صاحب هدايه المسترشدين . ولى هر چه عمق فلسفى بيشتر مىشود ، توجه به اين نكته پيدا مىشود كه كجا در مباحث اصولى بايد از فلسفه استفاده كرد و كجا نبايد استفاده كرد . هر چه عمق فلسفى غنىتر مىشود به اين نكته بيشتر توجه مىشود . اصول سامراء كه ميرزاى شيرازى بنيان كرده و بعد مرحوم آقا سيد محمد فشاركى ، هر دوى اينها از افرادى هستند كه به معقول آشنايى كامل دارند ، ولى در نوشته‌هايشان ورود افراطى به مسائل عقلانى و فلسفى كمتر ديده مىشود و اين يك منهج بسيار مهمى است . اما منهج مخصوص به خودش است كه مقابل منهج نجف قرار مىگيرد . در زمانى كه آقا سيد محمد فشاركى در سامرا بوده است ، همان زمان آخوند كفايه را مىنوشته است . در همان زمانى كه مرحوم ميرزاى شيرازى اواخر عمرش بوده و آقا سيد محمد فشاركى تدريس مىكرده و علماى سامرا تربيت مىشدند ، همان زمان آخوند خراسانى در نجف كفايه را تدريس مىكرده است . اما منهجى كه در سامرا بنيان شده است ، روش ساده نويسى ، عرفى نويسى و به دور از ورود در مسائل عقلانى و فلسفى بود ؛ ولى روشى كه در نجف پيش گرفته مىشده